Chlamydia trachomatis merupakan penyebab Uretritis Non Spesifik (UNS) terbanyak dibanding dengan organisme lain. Dari berbagai studi dilaporkan bahwa 30 -60 % dari penderita UNS dapat diisolasi Chlamydia trachomatis.
Dalam bidang penyakit menular seksual (PMS) Chlamydia trachomatis dapat merupakan penyebab uretritis, servisitis, endometritis, salpingitis, perihepatitis, epididimitis, limfogranuloma venerium dan seterusnya. Angka transmisi seksual C. trachomatis sering melebihi 20 % pada wanita muda.